Γνωρίζοντας ότι πρόκειται να δολοφονηθεί, ο Καποδίστριας πληροφορείται ότι οι Μανιάτες έχουν εξεγερθεί εναντίον του και ζητούν την αποφυλάκιση του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη. Λίγο αργότερα, τον επισκέπτεται ο Μακρυγιάννης, που είχε λάβει μια περίεργη προειδοποίηση ότι ο Κυβερνήτης κινδυνεύει κι έσπευσε να τον προστατεύσει. Τον συμβουλεύει να ελευθερώσει τον Πετρόμπεη, να συγχωρέσει την εξέγερση της Ύδρας και να προχωρήσει σε αναδασμό της γης. Ο Καποδίστριας είναι ανένδοτος στο θέμα της Ύδρας, αλλά φαίνεται να σκέπτεται τις άλλες δύο προτάσεις.

Μετά την αναχώρηση του Μακρυγιάννη, ο Κυβερνήτης εξομολογείται στον Παπαγιώργη, ένα Μανιάτη ιερέα, που τον αντιμετωπίζει εχθρικά και αρνείται να τον μεταλάβει αν δεν ελευθερωθεί ο Πετρόμπεης. Προς το τέλος της συνάντησης, έρχεται ο Κολοκοτρώνης και ειδοποιεί για τη συνωμοσία και την ανάμειξη του Παπαγιώργη. Παρακινεί τον Καποδίστρια να συλλάβει τους Μαυρομιχάληδες, που έχουν ορκιστεί να τον σκοτώσουν, όμως ο Κυβερνήτης διαφωνεί και ανακοινώνει ότι θα στείλει ρωσικά πλοία για να υποτάξει την Ύδρα.

Ο επόμενος επισκέπτης είναι ο Γιωργάκης Μαυρομιχάλης, ένας από τους επίδοξους δολοφόνους. Παραπονιέται ότι ο Κυβερνήτης έχει εγκαταλείψει το μεγάλο όραμα για την απελευθέρωση της Πόλης. Εκείνος του εξηγεί ότι προέχει η επίλυση των πρακτικών προβλημάτων, χωρίς όμως να τον πείθει.

Λίγο αργότερα, το πλήθος συγκεντρώνεται στην αυλή του Κυβερνείου, διαδηλώνει ενανίον του Καποδίστρια και ζητά Σύνταγμα. Ο Γκίκας διαφωνεί έντονα με τον Μακρυγιάννη και τον τραυματίζει. Εμφανίζεται ο Κυβερνήτης· βλέποντας τον Κωσταντή Μαυρομιχάλη, του λέει ότι θα ελευθερώσει τον Πετρόμπεη, αρκεί να το ζητήσει, εκείνος όμως αδιαφορεί. Οι λεκτικές συγκρούσεις συνεχίζονται, ενώ ο Μακρυγιάννης προσπαθεί να ηρεμήσει τα πνεύματα.

Ο Καποδίστριας αναγγέλλει τον αναδασμό της γης, προκαλώντας τη δυσαρέσκεια του Κολοκοτρώνη, που τον εγκαταλείπει. Εκείνη τη στιγμή, φτάνουν τα νέα για την άφιξη των ρωσικών πλοίων στην Ύδρα. Το πλήθος αναταράζεται ξανά και ο Παπαγιώργης παρακινεί τους Μαυρομιχάληδες να σκοτώσουν τον Κυβερνήτη, ο οποίος έχει ήδη διατάξει την αποφυλάκιση του Πετρόμπεη· παρ’ όλα αυτά, τον τραυματίζουν θανάσιμα, κι εκείνος ξεψυχά στην αγκαλιά του Μακρυγιάννη.

Γράφεται στην Αίγινα το 1944. Το θέμα απασχολούσε τον Καζαντζάκη από το 1939, την εποχή που σχεδίαζε τον Ακρίτα. Φαίνεται πως έναυσμα για τη συγγραφή, του έδωσε το έργο του Γ. Θεοτοκά Αντάρα στ’ Ανάπλι· μάλιστα, ζήτησε από τον Θεοτοκά· να του στείλει τα Απομνημονεύματα του Μακρυγιάννη. Ένα απόσπασμα δημοσιεύτηκε στην εφημερίδα Η Μάχη, 24.3.1946

• Ν. Καζαντζάκης, Ο Καποδίστριας, Αθήνα: εκδ. Νικ. Αλικιώτης 1946
• Ν. Καζαντζάκης, Θέατρο Γ΄. Τραγωδίες με διάφορα θέματα. Καποδίστριας, Χριστόφορος Κολόμβος, Σόδομα και Γόμορρα, Βούδας, επιμέλεια Ε. Χ. Κάσδαγλης, Αθήνα: Δίφρος 1956
• Ν. Καζαντζάκης, Θέατρο Γ΄. Τραγωδίες με διάφορα θέματα. Καποδίστριας, Χριστόφορος Κολόμβος, Σόδομα και Γόμορρα, Βούδας, Αθήνα: εκδ. Ελ. Καζαντζάκη 1971 – όπου και νεότερες εκδόσεις· η έκδοση του 1998, με επιμέλεια Πάτροκλου Σταύρου, είναι ανατύπωση της έκδοσης του 1956
• Από το ποιητικό έργο του Ν. Καζαντζάκη, πρόλογος Μανόλης Καρέλλης, εισαγωγή-ανθολόγηση-σημειώματα Στυλιανός Αλεξίου, εικονογράφηση Ν. Χατζηκυριάκος-Γκίκας, Ηράκλειο Κρήτης: Δήμος Ηρακλείου 1977 – ανθολογημένα αποσπάσματα

• Nikos Kazantzakis, Teatro. I. Odiseo, Juliano, Niceforo, Kapodistria, μετάφραση στα ισπανικά-εισαγωγή-σημειώσεις M. Castillo Didier, πρόλογος Fotios Malleros K., Σα-ντιάγο (Χιλή): Universidad de Chile, Facultad de Filosofía y Letras, Centro de Estudios Bizantinos y Neohelénicos 1978

• Εθνικό Θέατρο, 1946. Σκηνοθεσία Σωκράτης Καραντινός, σκηνικά Νίκος Εγγονόπουλος. Ηθοποιοί: Ν. Παρασκευάς, Τζ. Καρούσος, Άρης Βλαχόπουλος, κ.ά. Την παράσταση παρακολούθησαν ο Νίκος και η Ελένη Καζαντζάκη.
• σχολική παράσταση στη Λευκωσία, 1958
• Εθνικό Θέατρο, 1976-1977. Σκηνοθεσία Αλέξης Σολομός, μουσική Μ. Θεοδωράκης. Ηθοποιοί: Ν. Τζόγιας, Ζ. Τσάπελης, Λ. Καλλέργης, Αλέκα Κατσέλη, Θ. Μορίδης, Δ. Μαλαβέτας, Γ. Αργύρης κ.ά.
• Θεατρικός Οργανισμός Κύπρου, Δημοτικό Θέατρο Λευκωσίας, 1978. Ηθοποιοί: Δεσποινα Μπεμπεδέλη, Νίκος Σιαφκαλής, κ.ά.
• Εθνικό Θέατρο, 1982. Σκηνοθεσία Αλέξης Σολομός, μουσική Μ. Θεοδωράκης. Επανάληψη της παράσταση του 1976, με μικρές αλλαγές στη διανομή.

• Καποδίστριας, στη σειρά «Ώρα Ελληνικής Σκηνής», ΕΡΤ. Σκηνοθεσία Κ. Κροντηράς (αρχείο Μουσείου Ν. Καζαντζάκη)